La nouvelle profession de Naturopathe avec diplôme fédéral relève de la loi sur la formation professionnelle. Son programme de formation et ses examens sont contrôlés par l’OrTra MA, elle-même mandatée par le Secrétariat d’Etat à la formation, la recherche et l’innovation (SEFRI).
La législation en matière de santé est du ressort des cantons, à l’exception de certains domaines. Bien que le diplôme fédéral de Naturopathe soit reconnu dans toute la Suisse, ce sont les cantons qui se chargent de définir le champ d’action des naturopathes dans le cadre de leur pratique professionnelle. Dans les cantons de Vaud et de Fribourg par exemple, la pratique de la naturopathie n’est pas reconnue en tant que telle mais elle est tolérée.
En Valais en revanche, depuis le 1er janvier 2021, la profession de Naturopathe avec diplôme fédéral a été ajoutée aux professions de la santé. Le naturopathe doit désormais demander une autorisation de pratique au médecin cantonal. Son titre de naturopathe est protégé et tous les « naturopathes » sans titre fédéral sont tenus de modifier leur appellation ; le titre de Praticien de santé en naturopathie a été accepté par le Service de la santé. Ils peuvent continuer de pratiquer en respectant toutefois la loi sur la santé (LS) du canton du Valais.
Du côté des assurances complémentaires, de nombreuses caisses remboursent à leurs assurés les prestations des thérapeutes agréés par certaines associations comme l’ASCA ou le RME (Registre de médecine empirique). Ces dernières collaborent étroitement avec les associations professionnelles des naturopathes, telles que la NVS ou l’APTN.